空氣凈化系統是無塵凈化工程中一項重要步驟，可有效地對實驗動物房的空氣進行除菌、除臭處理，但能耗大。
　　實驗動物房還可以加設輔助設旌共同除菌、除臭，以降低整個系統的能耗。可供選擇的除菌、除臭方法有：
　　1）利用活性炭除臭活性炭是一種多孔材料，每克約有l500-2000m2的表面積。活性炭過濾器就是利用如此大的表面積來吸附空氣中的臭氣分子的。因此，控制實驗動物房內的臭氣，除采用輸入室外新鮮空氣對室內臭氣進行稀釋外，還可以利用活性炭除臭。
　　實驗動物房的空調凈化系統多采用全新風方式。為了降低能耗，節省費用，也可采用部分回風的空調凈化方式，設置活性炭過濾器，用以除去回風和排風中的臭氣。在選擇活性炭過濾器時，很難根據需除去的臭氣量來計算活性炭用量。活性炭的使用量一般根據經驗確走。活性炭過濾器的使用壽命隨使用條件的不同而異，一般1～1.5年需要更換一次。
　　2）利用氯化鋰水溶液除濕、殺菌氯化鋰水溶液同時具有除濕和殺菌功能。把氯化鋰水溶液霧化噴入空氣中，可同時對空氣進行除濕和殺滅浮游菌的處理。這種方式多用于室內溫度較低，潛熱負荷較大的場合。
　　3）利用三甘醇蒸汽殺菌把三甘醇加熱，“生的蒸汽送入室內，與室內空氣混合。凈化工程室內空氣中的浮游微生物接觸到這種混合氣體就不再具有活性了。利用這種方法能有效地殺除肺炎菌、鏈狀球菌、葡萄球菌等。但如果室內相對濕度較高，將會使其殺菌效果減弱。
　　目前還沒有該方法的定量數據。
　　4）利用紫外線燈滅菌紫外線照射可對室內空氣及污染表面產生殺菌、消毒作用。紫外線殺菌機理尚未*了解。有人提出紫外線可對細胞質組成單位造成衰變的所謂“熱點”效應（“Heat Point”effect）”“。紫外線是一種低能的電磁輻射，穿透力較差，其有效消毒殺菌范圍是紫外線燈管周圍1. 5m以內，且需照射時間長于半小時。
　　由于照射范圍和照射時間的限制，而且，還要考慮紫外線燈對動物長時間照射會產生傷害，因此，紫外線燈只能作為一種輔助的滅菌設施，安裝在室內的角落或頂棚等處。


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